ومنذ إخضاع الرئيس المعزول لمحاكمات وُصفت بـ"الهزلية"، وهو لا يستطيع التواصل مع هيئة دفاعه أو مع القاضي، بسبب وضعه في قفص زجاجي حاجب للصوت أثناء المحاكمة، وعدم تمكينه من الحقوق القانونية للمتهم أثناء المحاكمة، فضلاً عن عزله في الحبس الانفرادي لمدة ناهزت الست سنوات في سجن برج العرب بالإسكندرية، ثم بسجن المزرعة بمنطقة سجون طرة، من دون إبداء أسباب. بعد ذلك خضع أول رئيس مصري منتخب للحبس الانفرادي لمدة ثلاث سنوات في سجن المزرعة بمنطقة سجون طره، من دون إبداء أسباب. وبحسب أسرته، لم يتمكن ذووه من زيارته سوى مرتين، الأولى في سجن برج العرب في 6 نوفمبر/تشرين الثاني 2013، والثانية في 4 يونيو/حزيران 2017 بسجن المزرعة.
ولم تتمكن أسرة مرسي من زيارته في محبسه سوى مرتين فقط، الأولى في سجن برج العرب في 6 نوفمبر/ تشرين الثاني 2013، والثانية في 4 يونيو/ حزيران 2017 بسجن المزرعة، وتقدمت بالعديد من الشكاوى إزاء عدم توفير الرعاية الصحية له، ونومه على الأرض، وعدم السماح له بقراءة الصحف، أو إدخال قلم وورقة ليكتب فيها أفكاره، بالمخالفة للوائح السجون، والاتفاقيات الدولية لحقوق الإنسان الموقعة عليها مصر.
ووفقاً للتقارير الطبية الرسمية، كان مرسي يعاني من مرض السكري المزمن، والذي أدى نتيجة ظروف الاحتجاز السيئة، والحرمان من العلاج، إلى مضاعفات خطيرة، منها: "الضعف الشديد في الإبصار بالعين اليسرى، وبثور في الفم والأسنان، علاوة على تكرار تعرضه لغيبوبة نقص السكر في الدم، وإصابته بالتهابات روماتزمية حادة بالعمود الفقري، وفقرات الرقبة، نتيجة إجباره على النوم على الأرض".
وفي 8 أغسطس/ آب 2015، تقدم الرئيس المعزول بطلب إلى هيئة المحكمة لتوفير العلاج الخاص به، ورغم تصريحات المحكمة آنذاك بشأن انتداب طبيب متخصص في مرض السكري، إلا أن مرسي لم يُعرض على الأطباء المختصين، إلى أن اشتكى مجدداً إلى المحكمة في 29 نوفمبر/ تشرين الثاني 2017، من الإهمال الطبي المتعمد الذي يتعرض له في السجن، وهي الشكوى التي لم تعرها المحكمة كذلك أي اهتمام. وسبق أن وُجّهت اتهامات لإدارة سجن برج العرب، حيث قضى مرسي الفترة الأولى من السجن، بتقديم مواد خطرة على صحته ضمن الوجبات الغذائية التي كانت تُقدم له.
ووجهت أسرة مرسي اتهاماتٍ إلى إدارة سجن برج العرب، الذي قضى به فترته الأولى من السجن، بتقديم مواد خطرة على صحته ضمن الوجبات الغذائية المقدمة له، فضلاً عن رفعها قضية أمام مجلس الدولة تطالب فيها بتمكينها من زيارته في السجن، بعدما اتهمت وزير الداخلية بـ"التعسف في استعمال السلطة المخولة له بمنعهم من زيارة والدهم، رغم أن لوائح السجون المصرية تتيح لكل سجين زيارة واحدة على الأقل شهرياً".
وفي 6 مايو/ أيار الماضي، دانت أسرة مرسي استمرار حبسه انفرادياً بشكل تعسفي للعام السابع على التوالي، وسط حصار تام وعزلة كاملة في محبسه، مؤكدة أنها "لا تعرف الكثير عن حالته الصحية، أو ظروف احتجازه الراهنة، سوى أن أول رئيس مدني منتخب ممنوع من لقاء أي شخص، وسط حصار وتعتيم متعمد عن طبيعة وظروف احتجازه في منطقة سجون طره شديدة الحراسة".
وقالت الأسرة في بيان: "إن ما يحدث للرئيس السجين هو مخالفة لجميع الدساتير والقوانين المنظمة للعدالة في مصر والعالم، حيث اعتادت منعها من زيارته مراراً، واتجهت إلى القضاء المصري من دون جدوى"، داعية كل الأحرار في العالم، وكل مهتم بالحرية والنضال، وكذلك المنظمات الحقوقية الدولية، وعلى رأسها منظمة الأمم المتحدة، إلى أن "يلتفتوا إلى ملف الانتهاكات الحالية إزاء ظروف احتجاز مرسي".
وطلب مرسي من هيئة المحكمة مقابلة أهله، وهيئة دفاعه، في 7 مايو/ أيار 2017، قائلاً من داخل القفص في إحدى جلسات محاكمته: "هناك أشياء تمس حياتي أود مناقشتها مع هيئة الدفاع"، كما خاطب المحكمة في 13 نوفمبر/تشرين الثاني 2017، بقوله: "أنا حاضر كالغائب بسبب القفص الزجاجي (العازل للصوت)"، مستطرداً "هذا يسبب انعكاساً للصورة، ويصيبني بالدوار... والمحاكمة بالنسبة لي غيابية نتيجة الإضاءة بالقفص".
وتابع مرسي: "لا أرى هيئة المحكمة، ولا تراني، ولا أسمع دفاعي إلا متقطعاً، وكذلك الشهود... ولم أر دفاعي منذ أشهر"، ما دفع القاضي للرد عليه حينها، بالقول: "المحكمة تراك، وعندما لاحظت عدم سماع صوتك اليوم أمرت بإدخال مكبر صوت... وتأكد تماماً أن المحاكمة عادلة ومنصفة، ولا علاقة لها بالسياسة... وأن المحكمة تجري المحاكمة طبقاً للقانون، لك ولغيرك"، على حد زعمه.
كان مرسي قد قال أمام هيئة المحكمة في 23 مايو/ أيار 2015: "أنني أرفض المحاكمة رغم احترامي للمحكمة، ولكني هنا بالقوة الجبرية، ولم أُعلم بهذه القضية، أو الجلسة، حيث وجدت نفسي أمام المحكمة، والسبب هو الانقلاب ضد رئيس الجمهورية الذي قام به وزير الدفاع (يقصد السيسي)"، مواصلاً "القانون الذي نحترمه جميعاً لا يطبق في شخصي، وإنما كل ما يحدث يخالف القوانين أو الدساتير".