وتنص الوثيقة على تشكيل مجلس سيادي من 11 عضوا، خمسة عسكريين وخمسة تعينهم قوى الحرية والتغيير، وعضو آخر مدني يتم التوافق عليه بين العسكريين والمدنيين، كما حددت الوثيقة صلاحيات مجلس السيادة في المهام التشريعية مع صلاحيات أخرى مرتبطة بالجوانب الأمنية وملفات السلام مع الحركات المسلحة التي تقاتل في عدد من مناطق السودان.
ونصت الوثيقة الدستورية على تشكيل مجلس وزراء، تعين الحرية والتغيير رئيسه على أن يعين هو حكومة تنفيذية لا يتجاوز عددها العشرين وزيراَ يعتمدهم مجلس السيادة، على أن تشمل مهامه كل الصلاحيات التنفيذية مع صلاحيات مشتركة مع مجلس السيادة، بما فيها صلاحية التشريع.
ونصت الوثيقة كذلك على تشكيل مجلس تشريعي، تختار الحرية والتغيير 67 في المائة من أعضائه، ويتم اختيار 33 في المائة، بالتشاور مع المجلس العسكري، من أحزاب وقوى سياسية أخرى شاركت في الثورة، لكنها لم توقع على ميثاق الحرية والتغيير.
وطبقا للوثيقة، فإن من أبرز مهام المجلس التشريعي، الرقابة على الجهاز التنفيذي والتشريع وإعلان الحرب والمصادقة على إعلان حالة الطوارئ. ولم تحسم الوثيقة موضوع الإبقاء على عدد الولايات السودانية الحالية، أم تشكيل أقاليم جديدة وترك الأمر لما بعد تشكيل هياكل السلطة الانتقالية.
وأكدت الوثيقة على مبدأ سيادة حكم القانون واستقلال الخدمة المدنية ومحاسبة رموز النظام السابق على الجرائم التي ارتكبت خلال 30 عاماً من حكمهم، كما نصت على إنشاء 11 من المفوضيات المستقلة مثل مفوضية السلام والحدود والانتخابات والمرأة والأراضي والعدالة الانتقالية إضافة لمفوضية مكافحة الفساد واسترداد الأموال المنهوبة، كما نصت على وضع مبادئ عامة لتحقيق السلام في البلاد.
وأحالت الوثيقة سلطة الإشراف على القوات المسلحة والدعم السريع لمجلس السيادة على أن يحدد القانون علاقة تلك القوات بالجهاز التنفيذي.
واشترطت الوثيقة عدم تبوء حاملي الجنسيات المزدوجة لأي مناصب في المجلس السيادي ومجلس الوزراء والمجلس التشريعي، لكنها أعطت حق الاستثناء في بعض الحالات شريطة أن يحدث ذلك بتوافق بين المجلس السيادي ومجلس الوزراء.