بينما تمت تبرئة الرئيس المصري المخلوع حسني مبارك ووزير داخليته حبيب العادلي ورجاله من تهمة قتل المتظاهرين في ثورة يناير، انهالت أحكام الإعدام على الرافضين للانقلاب العسكري والمعارضين للنظام، حتى وصلت إلى قرابة 1500 حكم.
ففي 19 مارس/آذار، أصدرت محكمة جنايات شمال القاهرة، حكما غيابيا بإعدام 26 متهما، في قضية استهداف المجرى الملاحي لقناة السويس.
وصدر الحكم رغم أنها كانت أولى جلسات نظر القضية، وتبين تغيب المتهمين وهيئة دفاعهم عن حضور الجلسة، فيما اقتصرت الجلسة على تلاوة أمر إحالة المتهمين إلى المحاكمة، وطالبت النيابة بتطبيق أقصى عقوبة على المتهمين، لتقوم المحكمة بإصدار قرارها المتقدم.
وفي 24 مارس/آذار، أصدرت محكمة جنايات المنيا (دائرة الإرهاب) حكما بإعدام 529 معتقلا من رافضي الانقلاب العسكري، لاتهامهم بارتكاب أعمال عنف وحرق مقار شرطية في مركز "مطاي" بمحافظة المنيا في جنوب مصر، عقب مذبحة فض اعتصامي رابعة العدوية والنهضة.
والقضية كان متهما فيها 545 من قيادات جماعة الإخوان المسلمين، وفي مقدمتهم المرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين الدكتور محمد بديع، وعدد من الشباب الرافض للانقلاب العسكري، والذين أدينوا بالاعتداء على مركز شرطة مطاي، وإطلاق الأعيرة النارية، وقتل ضابط شرطة واحد فقط، وهو نائب مأمور المركز، العقيد مصطفى رجب.
في 21 يونيو/حزيران، صدر الحكم الثاني بالإعدام بحق مرشد جماعة الإخوان، حيث أصدرت المحكمة ذاتها، حكما آخر بمعاقبة 183 معتقلا من رافضي الانقلاب العسكري، والسجن المؤبد لعدد 4 آخرين، على خلفية اتهامهم بقتل رقيب شرطة، والشروع في قتل ضابط وشرطي آخرين، في أحداث المنيا بمنطقة "العدوة"، انتقاما لمذبحة فض الاعتصامين.
وتضمنت أحكام الإعدام مرشد الإخوان، ومدير المكتب الإداري لجماعة الإخوان المسلمين بالمنيا ووكيل وزارة التربية والتعليم السابق ممدوح مبروك عبد الوهاب عمار، وعضو مجلس الشعب عن حزب الحرية والعدالة بالمنيا محمد عبد العظيم مرزوق، وأمين حزب الحرية والعدالة بمركز العدوة محمد حليم حسن، ونقيب المعلمين السابق شعبان السيد عمر، وأمين التنظيم في حزب الحرية والعدالة صبحي عبد الوهاب حبيب.
وفي 5 يوليو/تموز، أصدرت محكمة جنايات شبرا الخيمة، حكما بالإعدام شنقا لـ10 متهمين، والمؤبد على 37 آخرين، والسجن 3 سنوات لمتهم كونه حدثاً، وذلك على خلفية اتهامهم في القضية المعروفة إعلامياً باسم "قطع طريق قليوب"، والمتهم فيها 48 شخصا، والتي وقعت في شهر يوليو/تموز 2013.
حيث قضت المحكمة بإعدام 10 متهمين وهم كل من: "مفتي جماعة الإخوان المسلمين وعضو مكتب إرشاد جماعة الإخوان عبد الرحمن البر، والداعية الإسلامي السلفي محمد عبد المقصود، وعبد الرحمن عبد الحميد، وعبد الله حسن، وجمال عبد الهادي، ومحمد عماد الدين، وهشام زكي، وحسام فرغلي، ومصطفى حفني، وعماد محمد فتحي".
وأبرز الحاصلين على حكم السجن المؤبد والغرامة 20 ألف جنيه والعزل من الوظيفة، المرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين الدكتور محمد بديع، والقياديان في جماعة الإخوان المسلمين وهما الدكتور عصام العريان والدكتور محمد البلتاجي والداعية صفوت حجازي ومحسن راضي، ووزير التموين السابق الدكتور باسم عودة ووزير الشباب أسامة ياسين.
في 6 أغسطس/آب، قضت محكمة جنايات الجيزة، بإعدام 12 شخصا من رافضي الانقلاب العسكري، في القضية المعروفة إعلامياً بقضية "اقتحام كرداسة"، كما قضت المحكمة بالسجن المؤبد على 10 آخرين، والذين تم القبض عليهم من منازلهم لمجرد أنهم من أصحاب "اللحى".
وكانت النيابة العامة أحالت 23 متهما من رافضي الانقلاب، بينهم 11 محبوسا و12 هاربا، إلى المحاكمة الجنائية، حيث إنهم معروف عنهم في منطقتهم مواظبتهم على التردد على المساجد، وأنهم من رافضي الانقلاب العسكري، وفقا لتحريات جهاز الأمن الوطني.
وتم إعداد قائمة اتهامات لهم، من بينها قتل مساعد مدير أمن الجيزة اللواء نبيل فرج، والذي خرج مسئول رسمي وقت حدوث الواقعة، وهو الدكتور هشام عبد الحميد المتحدث الرسمي لمصلحة الطب الشرعي، ليؤكد إطلاق النار عليه من مسافة قريبة لا تتجاوز نصف متر، كما أثبتت الفيديوهات الخاصة بواقعة مقتله أنه كان وسط رجال الأمن، ولم تحدث أي اشتباكات معهم بهذه المسافة القريبة.
وفي 20 سبتمبر/أيلول، قضت محكمة جنايات الجيزة، بالإعدام شنقا لـ5 متهمين والمؤبد لمتهمين آخرين، وتغريمهما 20 ألف جنيه ومصادرة السلاح والمضبوطات، وذلك في محاكمة 7 معتقلين في القضية المعروفة إعلاميا باسم "خلية أكتوبر".
في 30 سبتمبر/أيلول، أصدرت محكمة جنايات الجيزة، حكما بالسجن المؤبد لـ8 قيادات في جماعة الإخوان المسلمين، والإعدام لـ7 آخرين، وذلك على خلفية اتهامهم بالتحريض على التظاهر يوم 22 يوليو/تموز 2013، وارتكاب أعمال قطع الطريق والتجمهر وإسقاط الدولة، والتي وقعت في منطقة الجيزة في القضية المعروفة إعلامياً باسم "أحداث مسجد الاستقامة".
ضمت قائمة الأسماء المحكوم عليهم بالإعدام كلا من عضو مجلس شورى الجماعة الإسلامية الشيخ عاصم عبد الماجد، وعزب مصطفى موسى، وأنور شلتوت، ومحمد علي طلحة، وعبد الرازق محمود، وعزت صبري، وجميعهم هاربون.
كما ضمت أسماء المحكوم عليهم بالمؤبد، "المرشد العام للجماعة محمد بديع، وعضو مجلس الشعب السابق، الدكتور محمد البلتاجي، وعضو مجلس الشعب السابق، الدكتور عصام العريان، والداعية صفوت حجازي، ووزير التموين الأسبق الدكتور باسم عودة، و3 قيادات أخرى وهم: الحسيني عنتر محروس، وعصام رجب عبد الحفيظ، ومحمد جمعة حسن".
ويشار في هذه القضية إلى أن دار الإفتاء رفضت مرتين متتاليتين إعدام المتهمين المحبوسين، وجاءت أسباب الرفض بأن أوراق القضية خلت من دليل إلا أقوال ضباط الأمن الوطني التي لم تؤيد بدليل آخر سوى ترديد البعض لأقوال مرسلة بأن من يطلق النار هم جماعة من أنصار الإخوان المسلمين.
في 6 ديسمبر/كانون الأول، أصدرت محكمة جنايات القاهرة، حكما بالإعدام على القيادي الجهادي عادل حبارة، و6 آخرين، كما قضت بمعاقبة 25 متهما آخرين بالسجن من المؤبد إلى 15 عاما وبراءة ثلاثة متهمين، في القضية المعروفة إعلامياً بخلية "الأنصار والمهاجرين" المتهمة بتنفيذ مذبحة رفح الثانية.
وكانت النيابة العامة تلقت إخطارات من الشرطة، تفيد بأن جماعة مسلحة ارتكبت مذبحة رفح الثانية، التي راح ضحيتها 25 من جنود الأمن المركزي بقطاع "الأحراش"، كما أن العناصر المسلحة من تلك الجماعة أطلقت النار من أسلحة آلية على قوات الأمن المركزي بقطاع بلبيس، حال مرورهم على طريق أبو كبير الزقازيق، وأصيب فيها 18 ضابطًا ومجنداً.
