ومن ثمّ قامت وزارة الآثار بالبدء في مشروع درء الخطورة عن المسجد وترميمه في مارس/آذار 2018 بالتعاون مع وزارة الأوقاف ومنطقة آثار الإسكندرية ووجه بحري، وقد تكفّل أحد أبناء الإسكندرية بكافة تكاليف الصيانة والترميم. يقع المسجد بشارع ترعة المحمودية بمنطقة محرم بيك، حيث تكفّلت بإنشائه "إنجا هانم" التي توفيت سنة 1890، وكانت إنجا هانم زوجة والي مصر الخديوي سعيد منذ سنة 1854، قبل أن يتم الطلاق بينهما في 1863.
ويعود تاريخ إنشاء المسجد وفقاً للوحة التأسيسية إلى سنة 1869، وهو العام الذي تم خلاله افتتاح قناة السويس في عهد الخديوي إسماعيل. شُيّد المسجد بالحجر الجيري، على مساحة 352 متراً تقريباً، إذ تبلغ أبعاده 13.7 مترا × 25.7 متراً، ويبلغ ارتفاعه حوالي 9 أمتار.
وتقع مئذنته أعلى الواجهة الرئيسية، وهي ذات قاعدة مربعة يعلوها بدن مثمن من مستويين تليه شرفة المؤذن التي ترتكز على خمسة صفوف من المقرنصات، ثم بدن سداسي يعلوه شكل مخروطي ينتهي بالهلال المصنوع من الخشب. وفي الجهة الشرقية من المسجد توجد عدة ملحقات؛ عبارة عن: غرفة الإمام، مصلى للسيدات، دار تحفيظ للقرآن (حالياً مقر هيئة كبار العلماء).
يذكر أن أعمال الترميم تضمنت استبدال عوارض سقف المسجد الخشبية التالفة، وترميم كافة العناصر الخشبية المكونة لسقف المسجد من عوارض وألواح، ومعالجة شروخ الجدران داخلياً وخارجياً؛ وإزالة الدهانات المستحدثة على الأعمدة الرخامية للمسجد واللوحات الرخامية التأسيسية مع عمل تدعيم وتقوية من أجل حفظ العناصر الرخامية الأصلية به، واستعدال ميول المئذنة والهلال الخشبي ومعالجة عناصرها الخشبية؛ وتغيير شبكتي الصرف والكهرباء.
وقد أعلنت وزارة الآثار انتهاء أعمال الترميم بالمسجد، حيث افتتح أمام الجماهير، أخيراً، في صلاة الجمعة الماضية.