وتمسكت كلتا المحكمتين بأنهما غير مختصتين بنظر القضايا، في ظل تطبيق قانون حماية المنشآت الذي أصدره رئيس الجمهورية عبد الفتاح السيسي في أكتوبر/ تشرين الأول 2014.
وقالت المحكمة الدستورية إن قانون حماية المنشآت الذي ينص على إحالة قضايا الاعتداء على المنشآت والمرافق إلى المحاكم العسكرية، يرسم لتلك المحاكم اختصاصا استثنائيا لا يجوز لها التوسع فيه، وإن جرائم التظاهر والتجمهر العادية تنظرها المحاكم الجنائية العادية.
وذكر ممثل هيئة قضايا الدولة أمام المحكمة الدستورية بجلسة 3 يونيو/ حزيران الماضي، أن النيابة العامة أحالت حالة التنازع السلبي فى القضايا الخمس إلى المحكمة الدستورية مباشرة بإجراءات غير معتادة (وصفها تقرير سابق لهيئة المفوضين بالخاطئة لعدم توكيل هيئة قضايا الدولة)، وأنه نظرًا لأهمية الموضوع قامت هيئة قضايا الدولة برفع نفس الدعاوى مرة أخرى بإجراءات سليمة قانونيا، لتفصل المحكمة الدستورية في موضوعها.
ونشأ النزاع بين القضاء العادي والعسكري بعدما أحالت محكمة جنايات بني سويف 5 قضايا تظاهر وتعطيل طريق إلى المحكمة العسكرية بحجة اختصاص القضاء العسكري بهذه الجرائم بموجب قانون حماية المنشآت العامة رقم 136 لسنة 2014، إلا أن المحكمة العسكرية رفضت التصدي للقضية باعتبار أن وقائع التظاهر لا يطبق عليها قانون حماية المنشآت، ويحكمها قانونا التجمهر والتظاهر.