وقال الباجي، إنه لا يمكنه البقاء داخل حزب وأحدهم لا يرغب في وجوده، في إشارة إلى النائبة عن نداء تونس، فاطمة مسدي، التي طالبت بطرده من الحزب بسبب موقفه الرافض لدعوة رئيس الجمهورية للمساواة في الميراث وإباحة زواج المسلمة بغير المسلم.
وأكد الباجي في تصريحات صحافية أنه "لا يحلّ لامرأة مسلمة أن تتزوّج بغير مسلم مهما كان دينه أو ملّته. لأن هذا حكم الله، وهو واضح فى القرآن ولا يجب تأويله. وهو نص صريح وعليه إجماع، وهو قطعي الثبوت وقطعي الدلالة، وليس من حق أحد أن يجتهد فى ذلك".
وكتبت النائبة المسدي في تدوينة على صفحتها على "فيسبوك": "بعد هذا التصريح، أطالب الإدارة التنفيذية لحزب حركة نداء تونس بمعاقبة الشيخ فريد الباجي، وتجميده أو طرده أو ما تراه صالحاً لخروجه على مبادئ الحزب المدنية، وليمارس الجدل الديني بعيداً عن السياسة".
وكتب الباجي على "فيسبوك": "سأعتزل العمل السياسي وأتفرغ لما أحسنه، وهو طلب العلم الشرعي ونشره والدفاع عنه، وأخيراً، تحيا تونس، والمجد لجميع أبنائها وبناتها في الدنيا والآخرة".
ويعتبر الباجي شخصية مثيرة للجدل بسبب مواقفه وتصريحاته، وأثار انضمامه إلى "نداء تونس" جدلاً كبيراً في الأوساط السياسية، وخصوصاً داخل الحزب، وفجّر الباجي قنبلة من العيار الثقيل عندما قال عقب لقائه الرئيس السبسي قبل أشهر، إن "رئيس الجمهورية الباجي قائد السبسي تعهّد بإزاحة النهضة من تونس".
وأكد خلال اجتماع المجلس الجهوي الموسع للحركة بالقيروان، وسط تونس، أنّ 'إزاحة النهضة، لن تكون بالطريقة العسكرية مثلما جرى في مصر، بل بسياسة بورقيبة وباستعمال الفكر"، مؤكداً أن "رئيس الجمهوريّة شبّه ما سيحدث بإزالة الخاتم من إصبعه".
ولقيت تصريحات الباجي ردود فعل قوية من قيادات النهضة، وطالبته النائبة يمينة الزغلامي بالاعتذار للحركة بسبب وصفه قواعدها بالدواعش، وهددت بمقاضاته إذا لم يقدم اعتذاراً صريحاً بشأن ما صدر عنه، وبالفعل تراجع الباجي عن تلك التصريحات، وقال، إنها أخرجت من سياقها.