وكانت مينا قد أعلنت استقالتها من منصبها في مجلس النقابة احتجاجاً على حالة الانقسام في صفوف الأطباء وتردي أوضاعهم بشكل "بشع"، على حد قولها.
وقالت مينا في بيان الاستقالة: "أصبح مطلوباً منّاً أن تقوم بحل المشاكل بعصا سحرية، وأجد نفسي في موقع مسؤولية في لحظة يعاني فيها الأطباء من تردٍ بشع في أوضاعهم، بالإضافة إلى انقسام شديد في مواقفهم، مما يجعل السخط والإحباط غير مترجم إلى إيجابية أو قدرة على الفعل. وهنا المأزق أنه أصبح مطلوباً مني أن أقوم بحل المشاكل بعصا سحرية أو أُتّهم بالخيانة، وبأني تغيّرت بعد المنصب. لذلك فأنا أعلن استقالتي من منصبي النقابي، وسأرسل استقالة رسمية للمجلس".
إلا أن نقابة الأطباء قد أعلنت رفضها استقالة أمينتها العامة، موجهة إليها الدعوة للعودة إلى تأدية واجبها وتحمّل مسؤولياتها أمام عموم الأطباء.
واعتبرت النقابة، في بيان لها حول رفض استقالة مينا، أن أعضاء مجلس النقابة عموماً، وأعضاء هيئة المكتب على الخصوص، يعملون متطوعين لخدمة الأطباء، والدكتورة منى مينا تفرّغت تماماً للعمل في النقابة، وتؤدي واجبها ضمن فريق العمل الذي نال ثقة آلاف الأطباء في الانتخابات الأخيرة.
وكانت مينا قد شاركت في تنظيم إضرابات الأطباء في مايو/ أيار 2011 وأكتوبر/ تشرين الأول 2012 للمطالبة بتحسين الأجور وتأمين المستشفيات ورفع ميزانية الصحة في مصر، كما شاركت في ثورة 25 يناير منذ بدايتها وكانت عضواً بارزاً في المستشفى الميداني الذي أنشئ لإسعاف المصابين من المتظاهرين.